MassArray SNP分型方法技术原理及技术特点

MassARRAY® 分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，该技术是基于Sequenom质谱仪来实现的。首先通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA序列，用SAP酶纯化，单碱基延伸引物延伸，探针在SNP位点处仅延伸一个碱基。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异，确定该点处碱基。Sequenom Mass Array飞行时间质谱生物芯片系统是为基因组学研究提供兼顾灵敏度和特异性服务的中高通量技术平台，是目前唯一采用质谱法进行直接检测的设备。Sequenom MassArray系统反应体系为非杂交依赖性，不需要各种标记物，实验设计灵活，更可实现高达25-30重反应，是目前市场上拥有最高性价比的检测系统。

技术特点

高通量：一张芯片可对384个样本进行多重检测；每个体系最多可实现30重反应；

高性价比：每个SNP检测成本仅需2-5元（依据SNP个数及样本量而定）；

高灵敏度：分析所需样本量少（10ng），准确性>95%；检出率>90%；

高灵活度：一张芯片上样本数量和位置可随意选择、样本和位点检测匹配可随意选择。

应用领域

（1）适合全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点及大量初筛突变位点大样品验证；

（2）群体遗传学研究（生物进化、遗传分析）

（3）疾病相关基因研究（复杂疾病的易感性基因分析与基因定位）

（4）环境因子易感基因的检出与病原体基因分析

（5）药物基因组学（药物开发与个体用药）

（6）个体识别与法医鉴定

（7）生物医药研究（系统发育分析与病理分子遗传机理阐明）候选生物通路或者候选染色体区域的基因SNP分型等；

技术服务流程

客户需要提供

（1）提好的样本DNA或者相关组织样本

A、血液样品：样品为EDTA抗凝或枸椽酸钠抗凝，样品量大于1ml，样品采集后于-20℃或-80℃保存。

B、组织样品：样品可以为新鲜组织（最好－80℃保存）或石蜡包埋的组织，组织量大于300mg。

C、基因组DNA：至少提供100 ng DNA样品，体积大于10ul，反应数增多体积增大，浓度为20~50 ng/ul）

（2）需要检测的SNP位点信息（也可以只是具体基因区域，位点由我们挑选或推荐）；

我们提供的服务内容

（1） 课题的设计咨询包括检测位点的选取；

（2）DNA样本的质检与标化；

（3） SNP分型所用引物的设计、合成与优化；

（4）飞行质谱前的多重PCR及单碱基延伸;

（5） 分型数据的质量评估；

注：对于质量保证的样本，SNP分型检出率99%以上。

最终交付结果

（1）Hardy-Weinberg平衡检验；

（2） 等位基因型频数分析；

（3） 基因型频数分布分析；

（4）Major allele纯合型与其他基因型频数比较分析；

（5）Major allele纯合及杂合型与其他基因型频数比较分析；

（6） 单体型分析；

（7）以及向客户提供Mass ARRAY的原始数据（Excel格式）；

（8）我们还协助客户进行论文发表等工作。